Türk – İslam tarihi, kültürü ve medeniyetinin doğru ve bilimsel bir tarzda öğrenilmesini ve tanıtılmasını amaçlayan İSAM, bu amaca yönelik olarak ulusal ve uluslararası bilimsel araştırma projelerini desteklemekte ve üretilen bilginin daha geniş kitlelere ulaştırılması için ansiklopedi, dergi ve kitaplar yayımlamakta, sempozyum ve konferanslar düzenlemektedir. İSAM özellikle İslami ilimler alanında bilimsel çalışmalarını yoğunlaştırarak sürdürmekte, Türk kültür hayatına ve Ortadoğu, Orta Asya, Balkanlar ve Kuzey Afrika’yı kapsayan çalışmalarıyla İslami araştırmalara katkıda bulunmaktadır.
İSAM bir taraftan Türk ve İslam dünyasının tarihi mirasını modern bilimsel yöntemlerle araştırarak günümüz insanın dikkatine sunmakta, diğer taraftan da Müslüman coğrafyadaki dinî, sosyal, kültürel ve entelektüel değişim ve gelişmeleri izleyerek araştırmacı, bilim adamı ve yöneticiler için bilgi birikimi sağlamakta, nitelikli çalışmalar yürütmek amacıyla Türkiye içindeki ve dışındaki bilimsel ve akademik kurumlarla ilişkilerini sürdürmektedir.
Oluşturduğu kütüphane, arşiv ve dokümantasyon birimiyle araştırmacılara büyük bir hizmet sunan İSAM, ayrıca yurt içinde ve dışında araştırmacı yetiştirmeyi ve ilmi araştırmalar yaptırmayı planlayıp uygulamaya koymuş, bu amaçla bugüne kadar değişik alanlar için pek çok eleman seçilmiş, bunlardan bir kısmı doktoralarını tamamlayıp İSAM’da (bazıları muhtelif üniversitelerde) araştırmacı olarak çalışmalarına başlamıştır.
Kültür hayatımıza çok değerli katkılar sunan İSAM; aynı zamanda yüzyılın kültür hazinesi olan Vakfımız İslam Ansiklopedisi’ni yayınlamış, dini ve kültürel muhteva açısından eşsiz olan bu eseri toplumumuza kazandırmıştır.